Musa Sinan Yılmazer (d. İstanbul, 1975), Türk bürokrat ve istihbaratçıdır. Milli İstihbarat Teşkilatı (MİT) Başkan Yardımcısı olarak görev yapmaktadır.
Musa Sinan Yılmazer, 1975 yılında İstanbul'da doğdu. Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesi Uluslararası İlişkiler Bölümü'nden mezun oldu.
Kariyerine Milli İstihbarat Teşkilatı'nda başladı. Teşkilat bünyesinde çeşitli görevlerde bulunduktan sonra önemli pozisyonlara yükseldi. Özellikle terörle mücadele ve istihbarat operasyonları alanlarında uzmanlaştı.
2020 yılında Milli İstihbarat Teşkilatı Başkan Yardımcılığı görevine atandı. Bu göreviyle birlikte Türk istihbarat camiasında önemli bir figür haline geldi.
Musa Sinan Yılmazer'in adı, bazı dönemlerde Türkiye'deki çeşitli siyasi ve sosyal olaylarla ilgili tartışmalarda geçmiştir. Özellikle Gezi Parkı olayları ve sonrasında yaşanan gelişmelerde rolü olduğu iddiaları gündeme gelmiştir. Ancak bu iddiaların çoğu doğrulanmamıştır.
Musa Sinan Yılmazer evli ve çocuk sahibidir. İngilizce bilmektedir.
Not: Bu bilgiler genel kaynaklardan derlenmiş olup, Musa Sinan Yılmazer'in kişisel hayatı ve bazı görevleri hakkındaki detaylar kamuoyuna açık olmayabilir.